グループ通算・予定納税と地方税の実務完全ガイド｜調整計算から申告ソフト対応まで徹底解説

はじめに

2022年4月1日以降に開始する事業年度から導入されたグループ通算制度は、完全支配関係にあるグループ企業が税務署長の承認を受け、グループ内の各社の損益を通算できる仕組みです。国税においては大きな変革をもたらしたこの制度ですが、法人住民税や法人事業税といった地方税には適用されないため、実務上は独特の調整計算が必要となります。特に、予定納税・中間申告の場面では、通算グループ全体の統一的な対応が求められ、各通算法人が個別に判断するだけでは対応しきれない複雑な処理が生じます。

本記事では、グループ通算制度における予定納税と地方税の関係を整理し、実務担当者が押さえておくべきポイントをわかりやすく解説します。中間申告の要否判定から、法人住民税・法人事業税それぞれの調整計算、さらには申告ソフトウェアにおける最新の対応まで、幅広くカバーしていきます。グループ通算制度の適用を受けている法人の経理・税務担当者の方々にとって、実務の参考となれば幸いです。

グループ通算制度における中間申告と予定納税の基本

グループ通算制度では、中間申告や予定納税に関して、単体申告の場合とは異なる特別なルールが存在します。特に地方税の中間申告については、各通算法人が個別に対応するだけでなく、グループ全体としての統一性が強く求められます。ここでは、中間申告の要否判定の考え方から、仮決算による中間申告のグループ全体ルール、そして予定申告が義務とならないケースまでを詳しく見ていきます。

地方税の中間申告要否判定の考え方

地方税における中間申告の要否については、通算法人ごとに個別に判定が行われます。具体的には、グループ通算制度が適用された前事業年度の法人税額を基礎として、各通算法人が中間申告義務を負うかどうかを確認します。この点は、国税（法人税）における判定と基本的な考え方は同様ですが、地方税特有の計算式が用いられます。

法人市民税における予定申告の要否判定は、「前事業年度の確定法人税割額 ÷ 前事業年度の月数 × 6 ＞ 10万円」という計算式によって判定されます。前事業年度を通じて事業を行っていた場合、確定法人税額が20万円を超えるかどうかが一つの目安となります。なお、以下のような法人は中間申告（予定申告）の義務が生じません。

• 公共法人や事業年度が6か月以下の法人
• 新たに設立された法人
• 前事業年度の確定法人税割額に基づく計算結果が10万円以下の法人
• 公益法人等・協同組合等

通算子法人の場合、事業年度開始から6か月経過日の前日までの期間の月数が6以外のときは、計算式の分子「6」を当該月数に読み替えて計算することが必要です。このような細かい読み替えルールにも注意が必要です。

仮決算による中間申告のグループ全体ルール

グループ通算制度において特徴的なのは、仮決算に基づく中間申告の取り扱いです。仮決算による中間申告は、通算グループ内のすべての通算法人が仮決算による中間申告書を提出した場合に限り有効となります。つまり、グループ内の一社でも仮決算による中間申告書を提出しなかった場合、その効力は認められません。

いずれかの通算法人が仮決算による中間申告書を提出しなかった場合、中間申告の義務がある通算法人は「前年度実績を基準とする予定申告があったものとみなされ」、その場合にも納税義務が生じます。このルールは、グループ全体の足並みを揃えることを強く求めるものであり、各通算法人が相互に連携して中間申告手続きを進めることの重要性を示しています。実務上は、グループ内の親会社が各子会社の申告状況を一元管理し、仮決算申告を行うかどうかをグループ全体で統一的に決定することが望ましいといえます。

この統一性の要求は、グループ通算制度の根本的な思想に基づいています。グループを一体として捉えた損益通算を認める代わりに、申告手続きにおいてもグループとしての一体性を維持することが求められているのです。実務担当者はこの点を十分に理解し、グループ各社の担当者間で緊密な情報共有を行う体制を構築することが不可欠です。

予定申告の計算方法と納税スケジュール

予定申告額の計算方法は、法人税割と均等割でそれぞれ異なります。法人税割については「前事業年度の確定法人税割額 × 6 ÷ 前事業年度の月数」によって算出します。均等割については「均等割税率 × 算定期間に事務所等を有していた月数 ÷ 12か月」で計算します。

予定申告の提出・納税期限は、事業年度開始から6か月経過後2か月以内となっています。重要な点として、申告期限の延長が認められたとしても、納期限は延長されない点に注意が必要です。延滞金の計算は法定納期限の翌日から始まるため、資金繰りの観点からも、予定納税額を事前に正確に把握しておくことが重要です。

地方税における調整計算の詳細

グループ通算制度は国税（法人税）にのみ適用され、法人住民税・法人事業税には適用されません。しかし、法人住民税の課税標準は法人税額であるため、グループ通算後の法人税額がそのまま課税標準となります。このため、地方税では独特の調整計算が必要となります。ここでは、法人住民税・法人事業税それぞれの調整方法と、欠損金の取り扱いについて詳しく解説します。

法人住民税における調整計算の仕組み

法人住民税の法人税割の課税標準は法人税額であり、グループ通算制度による損益・欠損金の通算が反映された後の数値が用いられます。つまり、グループ内で損益通算が行われた結果として算出された法人税額がそのまま課税標準となるため、地方税レベルで通算の効果を打ち消すための調整が必要となります。

具体的な調整計算として、通算グループ内での損益通算があった場合には、「通算対象欠損金額 × 法人税率23.2％」を法人住民税の課税標準額に加算して再計算します。また、他の通算法人の繰越欠損金を損金算入した場合は、「被配賦欠損金控除額 × 法人税率23.2％」を加算する調整が必要です。これらの調整によって、地方税においてはグループ通算制度の効果が及ばないこととなり、各通算法人が単体ベースで課税されるような形になります。

欠損会社の視点から見ると、当期発生欠損金に相当する金額（欠損金 × 23.2％）を「控除対象通算対象所得調整額」として申告書に記載し、繰越欠損金に相当する金額（繰越欠損金 × 23.2％）を「控除対象配賦欠損調整額」として翌期に繰り越します。これらの調整項目の正確な記載と管理が、地方税実務において非常に重要です。

法人事業税における所得の計算方法

法人事業税の課税標準は法人税の課税所得ですが、グループ通算制度では損益・欠損金通算を行う前の所得金額が課税標準となります。つまり、法人事業税の計算においては、グループ通算制度の適用前の課税所得（単体ベースの所得）で計算することになります。

法人事業税はグループ通算制度がなかったとしたら計上される欠損金がそのまま申告書に計上され、翌期に繰り越されます。これは、地方税ではグループ通算制度そのものが存在しないため、各法人が個別に損益を計上し、欠損金を管理するという原則に基づいています。利益会社は通算前の所得を基礎として法人事業税を納付することになるため、グループ全体での節税効果は地方税では享受できないことになります。

以下は、法人住民税と法人事業税の主な違いをまとめた表です。

グループ通算開始時の繰越欠損金の取り扱い

グループ通算制度の開始時において、国税（法人税）では一定の繰越欠損金が切り捨てられる場合があります。しかし、地方税には繰越欠損金の切り捨て制度が存在しないため、国税と地方税で繰越欠損金の取り扱いが異なることになります。

法人住民税においては、国税で切り捨てられた欠損金に相当する金額を「切捨欠損金額 × 法人税率」として「控除対象通算適用前欠損調整額」として繰越控除する調整が行われます。これにより、欠損会社は地方税においても単体申告と同様の欠損金の取り扱いを受けることができます。

一方、法人事業税においては、欠損金の切り捨てがなかったものとして扱い、そのまま欠損金を繰越控除します。つまり、国税では切り捨てられた欠損金であっても、法人事業税においてはその後の期において引き続き控除対象として利用できます。この取り扱いの差異は、国税と地方税の申告書を別々に管理する必要があることを示しており、実務上の複雑さの一因となっています。各通算法人はこれらの差異を正確に把握し、申告書を適切に作成することが求められます。

申告ソフトウェアの最新対応と実務への影響

グループ通算制度の複雑な地方税調整計算に対応するため、申告ソフトウェアも年々改善が重ねられています。特に「グループ通算の達人（令和06年度版）」では、予定納税義務がない場合の新たな対応や、翌期繰越処理の見直しなど、実務担当者にとって重要な変更が加えられています。ここでは、これらの最新の対応内容と実務への影響について詳しく解説します。

予定納税の義務がない場合の新対応

「グループ通算の達人（令和06年度版）［個社処理用］」では、予定申告データにおける予定納税の義務がない場合の新たな対応が実施されました。従来は、所得税額控除により法人税が還付となり地方税が納付となる場合でも、地方税の予定納税の計算を行っていましたが、このような場合は法人税および地方税の両方において翌期の予定納税の義務が生じないため、計算を行わないよう改善されています。

この改善は実務上非常に重要な意味を持ちます。これまでは、システムが予定納税の計算を行ってしまうことで、実際には納税義務がないにもかかわらず過大な予定納税額が算出されるリスクがありました。令和06年度版の対応によりこの問題が解消され、正確な予定納税額の把握が可能となります。本対応に伴い、確定申告データおよび修正・更正データを翌期繰越して予定申告データを作成した際には、翌期繰越項目への繰り越しの判定が新たに追加されることにも留意が必要です。

翌期繰越処理の見直しと影響を受ける帳票

令和06年度版では、地方税の予定申告書に関する翌期繰越処理が大きく見直されました。対象となる帳票は以下の通りです。

• 第六号の三様式（道府県民税・事業税・特別法人事業税予定申告書）
• 第六号の三様式（その2）
• 第六号の三様式（その3）
• 第二十号の三様式（市町村民税予定申告書）

これらの予定申告書から翌期の中間申告書（第六号様式、第二十号様式等）への繰越において、繰越元の帳票で「翌期の中間申告の要否」画面にて「否」を選択している場合、一部の翌期繰越項目にはデータを繰り越さないよう変更されました。特に「均等割額」については、入力切替項目から手入力項目に変更され、データが繰り越されなくなります。

この変更は、中間申告が不要な法人に対して誤ったデータが引き継がれることを防ぐための重要な改善です。実務担当者は、翌期繰越後に均等割額が空欄となっていることを確認した上で、必要に応じて手動での入力を行う必要があります。これらの変更点を事前に把握し、申告作業の手順を見直しておくことが重要です。

控除対象通算対象所得調整額の繰越処理の改善

令和06年度版においてもう一つの重要な改善点として、控除対象通算対象所得調整額の控除明細書に関する繰越処理の変更があります。繰越元のデータで第六号様式別表二の三および第二十号様式別表二の三の控除対象通算対象所得調整額の控除明細書を作成しているが、各帳票画面を開いていない場合は、「当期分」を翌期繰越するよう変更されました。

この改善以前は、帳票画面を一度も開いていない場合に翌期繰越が正常に行われないケースがありました。新たな対応によって、帳票画面を開かずにシステム処理のみで作成されたデータについても適切に翌期繰越が行われるようになり、データの連続性と正確性が向上しています。なお、これらの翌期繰越処理は「グループ通算の達人（令和06年度版）［通算処理用］」で実行される点にも注意が必要です。

実務担当者は、ソフトウェアのバージョンアップ時には必ずリリースノートやマニュアルを確認し、変更内容を正確に把握した上で申告作業を行うことが求められます。特にグループ通算制度においては、親会社・子会社間でシステムのバージョンを統一し、同一の処理手順で申告データを作成することがトラブル防止につながります。

まとめ

グループ通算制度における予定納税と地方税の取り扱いは、国税とは異なる独自のルールと複雑な調整計算が必要であり、実務担当者には高度な知識と正確な手続きが求められます。中間申告の要否判定、仮決算申告のグループ統一ルール、法人住民税・法人事業税それぞれの調整計算、さらには繰越欠損金の取り扱いまで、多岐にわたるポイントを体系的に理解することが重要です。

申告ソフトウェアの最新対応を積極的に活用しながら、グループ内の各通算法人が緊密に連携して申告手続きを進めることで、ミスやペナルティのリスクを最小限に抑えることができます。制度の改正や実務上の取り扱いは年々変化するため、常に最新情報を収集し、適切な対応を行うよう心がけましょう。

よくある質問

グループ通算制度では地方税にも通算が適用されるのでしょうか？

グループ通算制度は国税（法人税）にのみ適用され、法人住民税や法人事業税には適用されません。しかし法人住民税の課税標準は法人税額であるため、グループ通算後の法人税額がそのまま課税標準となります。そのため地方税では独特の調整計算が必要となり、通算対象欠損金額に法人税率を乗じた金額を課税標準に加算して再計算することになります。

仮決算による中間申告をグループ内で一社だけ実施しない場合はどうなりますか？

仮決算による中間申告は通算グループ内のすべての通算法人が仮決算による中間申告書を提出した場合に限り有効となります。グループ内の一社でも提出しなかった場合、その効力は認められず、中間申告義務がある通算法人は前年度実績を基準とする予定申告があったものとみなされ、納税義務が生じます。このため実務上はグループ内の親会社が各子会社の申告状況を一元管理し、グループ全体で統一的に決定することが望ましいとされています。

予定申告の計算において、事業年度が6か月以外の場合はどのように対応すればよいですか？

事業年度開始から6か月経過日の前日までの期間の月数が6以外のときは、計算式の分子「6」をその月数に読み替えて計算する必要があります。例えば法人市民税における予定申告の要否判定は、「前事業年度の確定法人税割額÷前事業年度の月数×当該月数＞10万円」という式になります。このような細かい読み替えルールに注意することが重要です。

令和06年度版のグループ通算の達人で改善された主な内容は何ですか？

令和06年度版では三つの主要な改善が行われました。第一に、所得税額控除により法人税が還付となり地方税が納付となる場合でも、予定納税の義務がない場合は計算を行わないよう改善されました。第二に、中間申告が不要な法人に対して誤ったデータが引き継がれることを防ぐため、翌期繰越処理が見直され、特に均等割額が入力切替項目から手入力項目に変更されました。第三に、控除対象通算対象所forskell調整額の繰越処理が改善され、帳票画面を開かずにシステム処理のみで作成されたデータについても適切に翌期繰越が行われるようになりました。